腫瘤壞死因子(TNF)是一種促炎細(xì)胞因子,對維持組織穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。它通過與TNF受體1(TNFR1)結(jié)合,
激活炎癥相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄,調(diào)控絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)和核因子κB(NF-κB)通路,從而引發(fā)炎癥反應(yīng)。
不過,TNF引發(fā)的細(xì)胞凋亡和壞死性凋亡也可能導(dǎo)致多種炎癥性疾病。受體相互作用絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶1(RIPK1)
是TNF信號通路中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),它能協(xié)調(diào)細(xì)胞的生存與死亡。RIPK1的支架功能可誘導(dǎo)炎癥和細(xì)胞存活,
而其激酶功能則與凋亡和壞死性凋亡相關(guān)。
近日,中國科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所生物與化學(xué)交叉研究中心許代超團(tuán)隊(duì)與
華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬協(xié)和醫(yī)院顧勁揚(yáng)團(tuán)隊(duì)合作,在 Cell 子刊Molecular Cell 上發(fā)表了題為:
“Palmitoylationlicenses RIPK1 kinase activity and cytotoxicity in the TNF pathway"的研究論文。
該研究揭示了泛素化依賴性的棕櫚酰化允許RIPK1激酶活性以誘導(dǎo)下游細(xì)胞死亡信號傳導(dǎo),
并表明RIPK1棕櫚?;赡苁茄装Y性疾病的一個可行靶點(diǎn)。這一發(fā)現(xiàn)為理解RIPK1激酶激活提供了新的視角,
并提出了針對RIPK1棕櫚?;臐撛谥委煵呗?。

文章要點(diǎn)
1)TNF刺激下的RIPK1棕櫚酰化
質(zhì)譜分析篩選出三個?;鞍祝?/span>RIPK1、TNFR1和TAB3。經(jīng)2-BP處理后,RIPK1和TNFR1的棕櫚?;@著減少,
表明它們是2-BP敏感的棕櫚?;孜?。在HEK293T細(xì)胞中,2-BP處理使FLAG-RIPK1的棕櫚?;浇档?,確認(rèn)了RIPK1的棕櫚酰化。
TNF-α刺激下,MEFs中RIPK1的棕櫚?;皆黾?,呈現(xiàn)高分子量條帶,提示泛素化修飾存在。小鼠體內(nèi)實(shí)驗(yàn)也顯示,
TNF-α刺激后肝臟組織中RIPK1的棕櫚?;皆黾?。研究表明,RIPK1在TNF刺激下被棕櫚?;疫@種棕櫚?;杀?/span>2-BP抑制。

圖1 TNF刺激下的RIPK1棕櫚?;?/span>
2)棕櫚?;龠M(jìn)RIPK1激酶活性
通過優(yōu)化的ABE實(shí)驗(yàn),使用NMM標(biāo)記并經(jīng)質(zhì)譜鑒定,發(fā)現(xiàn)RIPK1的Cys257(C257)是主要棕櫚?;稽c(diǎn)。在TNF刺激下,
C257S突變體細(xì)胞系的RIPK1棕櫚?;@著降低,其他位點(diǎn)突變影響較小。CRISPR-Cas9技術(shù)生成的Ripk1C257S/C257S敲入小鼠
的MEFs和肝臟組織中,TNF誘導(dǎo)的RIPK1棕櫚?;诧@著降低。NanoBiT技術(shù)驗(yàn)證表明,2-BP處理或C257S突變顯著減少RIPK1激酶
結(jié)構(gòu)域的同源相互作用。
這些結(jié)果確定了Cys257是RIPK1的主要棕櫚酰化位點(diǎn),并揭示棕櫚?;龠M(jìn)RIPK1激酶活性和激酶結(jié)構(gòu)域的同源相互作用。

圖2棕櫚?;龠M(jìn)RIPK1激酶活性
3)棕櫚酰化增加RIPK1細(xì)胞毒性
在MEFs中抑制保護(hù)性檢查點(diǎn)并結(jié)合2-BP或RIPK1-C257S突變,可顯著減少TNF誘導(dǎo)的RIPK1激酶依賴性凋亡。
2-BP處理或C257S突變降低RIPK1激酶活性及caspase-3切割,減少復(fù)合物IIb形成,表明RIPK1棕櫚?;瘜?fù)合物IIb組裝至關(guān)重要。
實(shí)驗(yàn)顯示,2-BP處理或RIPK1-C257S突變能提高小鼠在TNF-α刺激下的存活率,
證明抑制RIPK1棕櫚?;杀Wo(hù)小鼠免受TNF誘導(dǎo)的致死效應(yīng),且RIPK1棕櫚酰化在促進(jìn)細(xì)胞毒性中起重要作用。

圖3 RIPK1棕櫚?;黾蛹?xì)胞毒性
4)DHHC5介導(dǎo)RIPK1棕櫚?;?/span>
通過短發(fā)夾RNA敲低23個DHHC家族成員,篩選出6個PAT,其中DHHC5被驗(yàn)證為關(guān)鍵的RIPK1棕櫚?;?。
在DHHC5敲低或缺失的MEFs中,TNF誘導(dǎo)的RIPK1棕櫚?;@著減少,表明其特異性參與且是必要條件。
體外實(shí)驗(yàn)顯示,野生型DHHC5能有效催化RIPK1棕櫚?;呋Щ钔蛔凅wDHHC5-C134S及RIPK1-C257S突變體則不能。
鄰近連接實(shí)驗(yàn)表明,TNF處理后MEFs中RIPK1與DHHC5有顯著相互作用,且在SM-164處理后消失,提示cIAP1/2介導(dǎo)的泛素化
促進(jìn)DHHC5與RIPK1結(jié)合。
免疫沉淀實(shí)驗(yàn)表明,DHHC5在TNF刺激下被募集到復(fù)合物I中,且主要依賴K63連接的泛素鏈。DHHC5是催化RIPK1棕櫚?;?/span>PAT。

圖4 DHHC5介導(dǎo)RIPK1棕櫚?;?/span>
5)DHHC5促進(jìn)RIPK1激酶活性和細(xì)胞毒性
在DHHC5缺失的MEFs中,TNF刺激后復(fù)合物I中的p-S166 RIPK1水平顯著降低,表明DHHC5對RIPK1激酶激活至關(guān)重要。
DHHC5缺失的細(xì)胞對T/5z7誘導(dǎo)的RDA和T/C/Z誘導(dǎo)的壞死性凋亡敏感性降低,且RIPK1和caspase的激活及復(fù)合物IIb的形成減少,
提示DHHC5通過促進(jìn)RIPK1激酶活性調(diào)控復(fù)合物IIb組裝。同時,DHHC5缺失導(dǎo)致p-S166 RIPK1、p-T231/S232 RIPK3、
p-S345 MLKL和壞死小體形成減少,表明其是RIPK1依賴性壞死性凋亡的關(guān)鍵調(diào)控因子。免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)顯示,
DHHC5缺失顯著降低RIPK1激酶結(jié)構(gòu)域之間的同源相互作用,支持DHHC5通過促進(jìn)RIPK1棕櫚?;鰪?qiáng)其激酶活性的觀點(diǎn)。
總之,DHHC5在促進(jìn)RIPK1激酶活性和細(xì)胞毒性中起關(guān)鍵作用。

圖5 DHHC5促進(jìn)RIPK1激酶活性和細(xì)胞毒性
6)脂肪酸放大DHHC5促進(jìn)RIPK1驅(qū)動的肝臟損傷
與正常飲食小鼠相比,膽堿缺乏高脂飲食(CD-HFD)小鼠RIPK1棕櫚?;斤@著增加,DHHC5蛋白水平顯著升高,
表明在MASH條件下RIPK1棕櫚?;鰪?qiáng)且DHHC5特異性上調(diào)。棕櫚酸(PA)處理原代肝細(xì)胞可提高DHHC5 mRNA和蛋白水平,
且PA處理肝細(xì)胞中c-Jun在DHHC5啟動子區(qū)域結(jié)合增強(qiáng),表明脂肪酸通過JNK/c-Jun通路誘導(dǎo)DHHC5轉(zhuǎn)錄激活。
在CD-HFD喂養(yǎng)的小鼠中,DHHC5缺失顯著降低RIPK1棕櫚?;?,減少RIPK1激酶活性、細(xì)胞死亡、炎癥因子表達(dá)及肝纖維化程度,
表明抑制DHHC5可緩解MASH引起的肝臟損傷。Nec-1s治療CD-HFD小鼠可降低ALT和AST水平,
進(jìn)一步證明RIPK1棕櫚?;?/span>MASH相關(guān)肝臟損傷中的重要性。
總之,在MASH模型中,DHHC5被脂肪酸放大,增加RIPK1棕櫚?;图?xì)胞毒性,導(dǎo)致肝臟損傷加重,而DHHC5缺乏或
RIPK1-C257S突變可有效減輕MASH相關(guān)肝臟損傷。

圖6脂肪酸放大DHHC5促進(jìn)RIPK1驅(qū)動的肝臟損傷
7)RIPK1棕櫚?;毕轀p輕MASH相關(guān)肝臟損傷
RIPK1-C257S突變可抑制CD-HFD喂養(yǎng)小鼠的RIPK1激活與細(xì)胞死亡,降低血清ALT、AST水平,減少巨噬細(xì)胞浸潤,
降低促炎細(xì)胞因子及趨化因子表達(dá),減輕肝臟纖維化,Nec-1s處理則削弱該保護(hù)作用。
這表明RIPK1-C257S突變通過抑制RIPK1的激活和細(xì)胞死亡,有效減輕MASH相關(guān)的肝臟損傷、炎癥反應(yīng)和纖維化進(jìn)程。

圖7 RIPK1棕櫚酰化缺陷減輕MASH相關(guān)肝臟損傷
文章小結(jié)
研究shou次揭示了泛素化依賴性的棕櫚?;试SRIPK1激酶活性以誘導(dǎo)下游細(xì)胞死亡信號傳導(dǎo),并表明RIPK1棕櫚?;赡苁茄装Y性疾病的一個可行靶點(diǎn)。
這一發(fā)現(xiàn)為理解RIPK1激酶激活提供了新的視角,并提出了針對RIPK1棕櫚?;臐撛谥委煵呗?。
參考文獻(xiàn)
Zhang N, Liu J, Guo R, et al. Palmitoylation licenses RIPK1 kinase activity and cytotoxicity in the TNF pathway[J]. Mol Cell, 2024,84(22):4419-4435.